Впервые в нормативный оборот термин «уголовно-исполнительная система» был введен Законом РФ от 21 июля 1993 г. №5473-1 «Об учреждениях и органах, исполняющих уголовные наказания в виде лишения свободы». В действующей редакции ст. 5 этого Закона говорится, что уголовно-исполнительная система включает в себя учреждения, исполняющие наказания; территориальные органы; федеральный орган исполнительной власти, уполномоченный в области исполнения наказаний (федеральный орган уголовно-исполнительной системы). Кроме того, в УИС по решению Правительства РФ могут входить следственные изоляторы, предприятия, специально созданные для обеспечения деятельности УИС, научно-исследовательские, проектные, лечебные, учебные и иные учреждения. Перечень организаций и учреждений, входящих в УИС, в настоящее время утвержден постановлением Правительства РФ от 2 февраля 2000 г. № 89 «Об утверждении перечня видов предприятий, учреждений и организаций, входящих в уголовно-исполнительную систему».
Учреждения, исполняющие наказания, являются юридическими лицами; их виды определяются УИК РФ. Решения о создании и ликвидации таких учреждений принимаются Правительством РФ по согласованию с органами исполнительной власти субъектов РФ.
Учреждения, исполняющие наказания, обязаны:
1) обеспечивать исполнение уголовно-исполнительного законодательства Российской Федерации;
2) создавать условия для обеспечения правопорядка и законности, безопасности осужденных, а также персонала, должностных лиц и граждан, находящихся на их территориях;
3) обеспечивать привлечение осужденных к труду, а также осуществлять их общее и профессиональное образование и профессиональное обучение;
4) обеспечивать охрану здоровья осужденных;
5) осуществлять деятельность по развитию своей материально-технической базы и социальной сферы;
6) в пределах своей компетенции оказывать содействие органам, осуществляющим оперативно-розыскную деятельность;
7) обеспечивать режим содержания подозреваемых и обвиняемых, в отношении которых в качестве меры пресечения применено заключение под стражу, а также соблюдение прав и исполнение обязанностей подозреваемыми и обвиняемыми в соответствии с Федеральным законом от 15 июля 1995 г. № 103-ФЗ «О содержании под стражей подозреваемых и обвиняемых в совершении преступлений».