«Тезисы» Лютера, переведенные на немецкий язык, за короткий срок обрели феноменальную популярность. Вскоре для опровержения лютеровских тезисов были выставлены опытные католические теологи: распространитель индульгенций в Германии Тецель, доминиканский монах Сильвестр Маззолини да Приерио и известный богослов Иоганн Экк.
Все они, критикуя Лютера, исходили из догмата о непогрешимости папы. Против Лютера было составлено обвинение в ереси, а 7 августа 1518 г. ему было передано приказание явиться на суд в Рим. Однако, опираясь на поддержку своих сторонников, в том числе и среди представителей власти, Лютер отказался.
Папскому легату в Германии пришлось согласиться с предложением подвергнуть Лютера допросу в Германии. В октябре 1518 г. Лютер прибыл в Аугсбург, где в то время заседал рейхстаг. Здесь Лютер заявил, что не отречется «ни от единой буквы» своего вероучения. Конец периоду переговоров папской курии с Лютером положил диспут, состоявшийся летом 1519 г. в Лейпциге между ним и Экком.
Когда Экк обвинил Лютера в том, что он повторяет ряд положений, близких к учению Гуса, Лютер заявил, что среди положений Гуса имелись «истинно христианские и евангелистские». Это заявление означало не только опровержение «высшей святости» папы, но и авторитета соборов.
Только Священное Писание непогрешимо, заявил Лютер, а не папа и вселенские соборы. Таким образом, результатом лейпцигского диспута был открытый разрыв Лютера с Римом.
В трактате «К христианскому дворянству немецкой нации об улучшении христианского состояния» (1520) Лютер обосновал освобождение от папского засилья тезисом о том, что служение Богу рассматривается не как дело одного духовенства, а как функция всех христиан, их мирских учреждений и светской власти.
Так была высказана идея «всеобщего священства», которым обладали все христиане. Параллельно с этим Лютер разработал программу борьбы с папством и реформирования церкви. Он призвал немцев прекратить выплаты Риму, сократить число папских представителей в Германии, ограничить вмешательство папы в управление империи.
Важным пунктом в национальном развитии немцев стал призыв к чтению мессы на немецком языке. Далее Лютер потребовал закрытия монастырей нищенствующих орденов и роспуска всех духовных братств, отмены церковных иммунитетов, отлучений, многочисленных праздников, целибата духовных лиц.
К этому же моменту можно говорить уже о сложившейся системе богословских взглядов Лютера. Основное положение, выдвинутое им, гласило, что человек достигает спасения души (или «оправдания») не через церковь и ее обряды, а с помощью личной веры, даруемой человеку непосредственно Богом.
Смысл этого утверждения заключался, прежде всего, в отрицании посреднической роли духовенства между верующими и Богом. Другой тезис Лютера сводился к утверждению приоритета Священного Писания над Священным Преданием — в виде папских декретов и постановлений вселенских соборов.
Это положение Лютера, как и первое, противоречило католической догме о централизованной универсальной церкви, распределяющей по своему усмотрению Божественную благодать, и о непререкаемом авторитете папы как вероучителя.
Однако Лютер не отвергал полностью значения духовенства, без помощи которого человеку трудно достигнуть состояния смирения. Священник в новой церкви Лютера должен был наставлять людей в религиозной жизни, в смирении перед Богом, но не мог давать отпущение грехов (это дело Бога).
Лютером отрицалась та сторона католического культа, которая не находила подтверждения и оправдания в букве Священного Писания, поэтому другое название лютеранской церкви — евангелическая церковь. Среди церковной атрибутики, отвергнутой Лютером, оказались поклонение святым, почитание икон, коленопреклонение, алтарь, иконы, скульптуры, учение о чистилище. Из семи таинств было сохранено в конечном итоге только два: крещение и причастие.