Після лютневого пленуму ЦК ВКП(б) від 1937 року хвиля репресій накрила оборонну промисловість. У галузі був підготовлений план заходів щодо «викриття і попередження шкідництва та шпіонажу». На заводах, у конструкторських бюро і в науково-дослідних інститутах авіаційної промисловості розпочався справжній терор. Були заарештовані практично всі керівники ЦАГІ (Центрального аерогідродинамічного інституту ім. М.Жуковського), славнозвісні конструктори літаків і двигунів Р.Бартіні, В.Мясищев, І.Неман, В.Петляков, Д.Томашевич, В.Чаромський, В.Чижевський та інші. Шпигунами оголосили багаторічних друзів і колег К.Калініна братів Касяненків. У роботі на французьку розвідку звинуватили видатного авіаконструктора А.Туполєва. В ув’язненні опинилися фундатори радянської ракетної техніки С.Корольов, В.Глушко, Г.Лангемак... На щастя, частині з них вдалося вижити.
1 квітня 1938 року черга дійшла і до Костянтина Калініна. Вже 31 травня 1938 року рішенням Воронезького міськкому партії, ще до винесення вироку суду, він був виключений з партії. А 22 жовтня 1938 року як «ворог народу» був засуджений «за підрив радянського літакобудування» і наступного дня розстріляний.
Костянтин Калінін був посмертно реабілітований 10 серпня 1955 року …«у зв’язку з відсутністю складу злочину». Але ім’я його виявилося несправедливо забутим. Лише близькі та дуже вузьке коло фахівців знали, хто насправді є автором сміливих інженерних рішень, які випередили час, хто створив знамениті авіаційні заводи, КБ, вищі навчальні заклади.
У 1972 році, коли не стало Ігоря Сікорського, також викресленого з історії вітчизняної авіації, видатний радянський механік, академік І.Артоболевський сказав: «Ось було два великих авіаконструктори - Ігор Сікорський і Костянтин Калінін. Першого Америка поховала як національного героя, а другого у нас ніхто не знає. Його на вершині слави згубили молодим у себе вдома».
Син Костянтина Калініна - ветеран Великої Вітчизняної війни, полковник Елвін Калінін та дочка, колишня відповідальна працівниця Головкому морського флоту СРСР Неллі Калініна двічі на рік вшановують пам’ять батька. Астрофізик Кримської обсерваторії Т.Смирнова у 1975 році відкрила зірку за номером 3347. Цій планеті за бажанням першовідкривальниці Міжнародним планетарним центром було присвоєно ім’я «Костянтин» на честь видатного авіаконструктора Костянтина Калініна.
Свій внесок у повернення імені свого славного випускника робить і Київський політехнічний інститут. Сьогодні в Державному політехнічному музеї КПІ постать Костянтина Калініна поруч з іншими піонерами авіації і космосу - Ігорем Сікорським, Олександром Мікуліним, Дмитром Григоровичем, Іваном і Андрієм Касяненками, Архипом Люлькою, Сергієм Корольовим, Володимиром Челомеєм, Львом Люльєвим та багатьма іншими видатними київськими політехніками. Його конструкції літаків і унікальні інженерні рішення вивчають студенти механіко-машинобудівного інституту та факультету авіаційних і космічних систем КПІ, йому присвячуються конференції вчених, сучасних і майбутніх творців авіації.